龙栖山自然保护区始建于1984年，1989年10月成立省级保护区，1998年8月18日经国务院批准为国家级自然保护区，属于森林生态类型的自然保护区。地理坐标介于东经117°13′～117°21′、北纬26°28′～26°37′之间，南北长18公里，东西宽14公里，海拔介于235米～1620.4米之间，总面积156.93平方公里。
保护区经福建省人民政府批准，相当于副处级事业单位，隶属于将乐县人民政府，于2000年9月成立管理局，下设5个科室，即办公室、保护科、科技科、旅游产业科、计财项目基建科。保护科下设4个管理所（即里山、外山、余家坪、白莲管理所）、1个林业服务社和1个龙门检查哨卡，建立了资源管理保护三级管理网络。管理系统进入正常运作。
龙栖山自然保护区建立以来，在福建省各级领导的重视和支持下，自然保护区事业得到了长足发展。保护区坚持贯彻国家关于发展自然保护事业的方针、政策，把资源保护工作放在首位，森林生态系统得到完好的保护。保护区积极开展科学研究活动，先后投资100万多元与中科院、福建林学院等研究机构、高等院校合作，对本区进行综合科学考察，出版了《龙栖山植物》、《龙栖山动物》、《龙栖山自然保护区科学综合考察报告》等8本学术专著，初步查清区内动植物本底资源，为今后保护区的保护、发展和合理利用自然资源提供了可靠的科学依据。
龙栖山国家级自然保护区地处我国南北亚热带交替区域，属武夷山脉东南延伸的支脉。按世界动物地理分布位于东洋区北部；按植物分布处于泛北极植物区与热带植物区过渡带。区内保存着较完整的森林植被及森林生态系统，森林覆盖率达97%，区系成份复杂。被誉为“天然植物园”、“珍稀濒危野生动物的基因库”。1995年加入中国“人与生物圈”保护区网络；1999年12月被中国科学技术协会定为“全国科普教育基地”（每年都要与省、市、县共同举办数期科普夏令活动），被福建省人民政府定为“青少年爱国主义教育基地”。
一、植物资源。龙栖山地处亚热带季风气候区，森林覆盖率达97%，有近9000hm2的原始林和次生林，蕴含着多种生态系统及其景观。
植物资源丰富。现已初步查明高等植物有252科、868属、1763种（含亚种、变种和变型）。其中苔藓植物68科、143属、248种；蕨类植物37科、77属、157种；种子植物137科、538属、1206种。国家重点保护野生植物有9种，其中|国家Ⅰ级保护植物有南方红豆杉1种；国家Ⅱ级保护植物有齿叶黑桫椤、金毛狗、金钱松、香榧、樟树、闽楠、浙江楠、野大豆等8种；此外，兰科植物有21种。原料性资源植物1821种（按用途累计），其中主要有材用植物120种，纤维植物104种，芳香植物43种，食用植物98种，密源植物176种，药用植物750种。此外，还有大量的非原料性资源植物，包括绿化和观赏植物、环境监测和抗污染植物、改良土壤植物和植物种质资源。
龙栖山保护区的植物区系成份属于北极植物区、中国——日本森林植物亚区、亚热带植物区系。区系组成复杂，植被类型较多，地带性植被为典型的常绿阔叶林，依据植物群落的种类组成、外貌结构和生态生理分布，按照《中国植被》的分类系统，将龙栖山森林植被类型分成6个植被类型，21个群系。
二、动物资源。保护区内野生动物资源也相当丰富。现已初步查明，野生动物共计13纲、58目、289科、1452属、2129种，有1新属、73新种。其中兽纲46种、鸟纲82种、爬行纲22种、两栖纲11种、鱼纲31种、昆虫纲1821种、其它无脊椎动物116种。国家重点保护动物的有22种，其中|国家Ⅰ级保护动物有华南虎、金钱豹、云豹、黄腹角雉、白颈长尾雉、黑麂、蟒等7种，国家Ⅱ级保护动物有猕猴、短尾猴、穿山甲、黑熊、小灵猫、苏门羚、凤头鹃隼、赤腹鹰、林雕、白鹇、领鸺鹠、褐林鸮、拉步甲、虎纹蛙、大鲵等15种，国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物107种。此外，还有不少药用、食用、毛皮、害虫天敌以及观赏的动物种类。
三、旅游资源。根据将乐县委、县政府关于以玉华洞和龙栖山为中心的“两圈一线”大旅游格局的战略部署和龙栖山自然保护区的自然环境与自然资源的前提下，通过适度的景区景点开发和旅游服务设施建设，突出地方特色和山野情趣，形成一流的生态旅游区。
（一）绚丽多彩的森林景观
区内主峰海拔1620.4m，是方圆五县较高的山峰，海拔千米以上的山峰还有40余座，故区内群峰列屏，山峦叠翠，林木葳蕤，秀丽峻美，如一幽遂绿宫，翠微撩人。这里春见山花斗艳，姹紫嫣红；夏见树茂、古藤凌空；秋见红叶，胜似二月花；冬见霜雪，迥然一派北国风光。“四时之景不同，而乐亦无穷”也。这里有记载着数百年乃至上千年的文化、历史、人间沧桑的硕大、古朴、苍劲的参天大树；有“野火烧不尽，春风吹又生”的黄山松幼林，有虬劲苍老树枝舒展的黄山迎客松。而高山草甸别有一番情趣，清明时节，野划泛绿，百花盛开，象绿云上托起粲灿的朝霞；冬天百花凋零，风吹草低，好一派草原风光。茫茫竹海，“万竿新竹拔地起，满山绿荫铺天来”。总之，绚丽多彩的森林景观，一片生机勃勃，无不给以美的享受，情操的陶冶。
（二）壮观奇妙的山水景观
区内的丹霞地貌形成的孤峰陡壁，以及火山活动形成的深潭，由阶梯状落差而形成瀑布，从几十米的高空上飞流直下，情景十分壮观。而在半空中的水汽经太阳光折射而成彩虹横空而出，煞是耀眼，传说是龙的潜影，故名“龙潭”。而在其陡崖峭壁上，居然也绿荫葱葱，山花红叶，随处可见。
而十里溪水，蜿蜓曲折，随山而移、迂曲穿行在峰峦幽谷之间，迤丽延伸于鸟语花香之中。漫步小溪岸边，山风徐徐、溪水潺潺，茂林修竹之中，飘出鸟鸣蝉噪，如诗如画，又使人恍惚置身于人间的世外桃源。
区门外的云雾奇观，波涛汹涌，变动诡奇，摄人心魄，其顺山势而蔓延，与花木共掩映，层层叠叠，错错落落，无论是近观，还是远观，都觉得云象万千，使人流连忘返。
（三）美丽神奇的人文景观
龙栖山几度兴旺，几度衰落，留下了丰富多彩的人文景观和美丽的民间传说。
这里有唐贞观二年的圣水岩青云堂遗迹，据《将乐县志》载：“圣水岩，上有泉，不盈不涸，病者饮之即痊，天旱祷雨得即雨”而闻名，这里有供奉“龚吉、刘文绪、杨五郎”三位仙人的“仙人堂”、也正是这里，有清朝年间白莲人吴赞郎率因冰雹成灾的灾民起义，在仙人堂凭险下寨，聚众万人对抗朝廷官兵达三年之久，留下了不少传奇故事。而在海拔1312m的高山草甸上、有用石块垒起近方形的圈栏，传说天神将九头神牛关在这个石牛栏内，吃这里的玉竹为生。这里还有树中树、树中竹、九鳅落湖等神奇传说，这些人文景观都是开发生态旅游的重要资源之一。
（四）避暑度假的天然胜地
区内森林茂密，林木葱茏，良好的生态环境形成了独特的山区气候，这里的夏天，7月平均气温为25.3℃，比区外低5-8℃，加上空气清新洁净，确是令人精神焕发。这里冬无严寒，夏无酷暑，气候温暖湿润，环境幽静。这里春见山花，夏见树茂，秋见红叶，冬见霜雪。侧耳细听，处处莺歌燕舞，蝉噪蛐鸣，偶有杜鹃啼血。这里远离喧器的闹市，没有噪音，没有污染，只有清新的空气，治静的环境。在这里避暑、休闲、度假，在这里观赏“崇山峻岭、茂林修竹”，微风落霞野花，凝视树旁淙淙流水之时，获得大自然精神陶冶。这里确实是消除疲劳、修身养性的好地方。